В Кремле произошел взрыв, и нашего героя Итана Ханта и его подразделение «Миссия невыполнима» считают виновными в этом происшествии. Как раз на такой случай президент США имеет «Протокол Фантом». Когда происходит его запуск, то отряд, ставший ненужным, зачищают, а всю информацию о его существовании просто удаляют из архивов. Итан оказывается один, против него вся система, но наш герой тоже не прост, и опускать руки не собирается. Он намерен снова вернуть своему имени былую славу и не допустить других взрывов в Москве. Его коллеги стремятся оказать Итану всю возможную помощь.